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    5hmC或成为2型糖尿病血管并发症临床监控的重要标志(zhì)物(wù)

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到:

    2019年10月(yuè)1日(rì),5-羟甲(jiǎ)基化胞(bāo)嘧(mì)啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖(táng)尿病研究领域取得重要进展。2型糖尿(niào)病(T2D)的血管并发(fā)症是导致2型(xíng)糖尿病致残致死的(de)重(chóng)要(yào)病因,一直(zhí)缺乏一(yī)种无创便捷的临(lín)床途径实现血(xuè)管并发症的(de)发生发展监测,达(dá)到早发现、早干预,以提(tí)高(gāo)T2D病人的整体生(shēng)活质量,减(jiǎn)少(shǎo)卫生经济负担。


    该研(yán)究(jiū)入(rù)组了(le)62例2型糖尿病病人,采用5hmC-Seal技术对血浆(jiāng)cfDNA中(zhōng)表观遗(yí)传(chuán)标志物5hmC的分布情况进行检测,分析5hmC标志物与(yǔ)2型糖尿病血管并发症(zhèng)发生发展(zhǎn)的相关性。结果(guǒ)表明5hmC标(biāo)志物(wù)的变化与T2D合并大血管/微血(xuè)管事(shì)件具有相关性(xìng),主要涉及(jí)一些与血管(guǎn)生物学和糖尿(niào)病(包(bāo)括胰岛素耐受(shòu)和炎(yán)症反应)相关的基(jī)因和信(xìn)号通路。该研究建立(lì)的16个基(jī)因-5hmC标(biāo)志物组合检测可(kě)以(yǐ)准(zhǔn)确区分有并发症和(hé)无(wú)并发症的2型糖尿病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临床(chuáng)变量例如(rú)白蛋白尿。除(chú)此之(zhī)外,还建(jiàn)立了(le)13个基因(yīn)-5hmC标志物组合检(jiǎn)测,可以进一步区分T2D合(hé)并单一并发症和多种并发症[实验(yàn)组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样(yàng)明显优(yōu)于其他传统(tǒng)临床变量。该研究(jiū)得出结论,5hmC标志物反映(yìng)了T2D病人大血管/微血管并发症发生过(guò)程中的(de)表观遗传变化,因而5hmC-Seal检(jiǎn)测(cè)技术(shù)在监(jiān)测糖尿病(bìng)血管并发症发生和进展方面具有良好的临床(chuáng)应用前景。


    试验设计



    本研究共(gòng)纳入62例2型糖尿病病人,包括没有血管并发症的病人(rén)12例(lì),有单一血管并发症的病人34例(24例发生(shēng)大血管事件(jiàn),10例发生(shēng)微血管事件),以及有多(duō)种血管并发症的病人16例。试验收集62例病人血(xuè)浆(jiāng),提取cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术捕获外周(zhōu)血cfDNA中的5hmC序列,进行二代测(cè)序,通过生物信息学(xué)分析(xī)找出并发症组(zǔ)与无(wú)并发(fā)症组之间有显(xiǎn)著5hmC修饰差异(yì)的基(jī)因,单(dān)一并发症(zhèng)组和多种并(bìng)发(fā)症组之间有(yǒu)显著5hmC修饰差异的基因。随(suí)后利用回归模型对(duì)差异基(jī)因进一步筛选(xuǎn)、优化(huà),弹性网络进(jìn)一步(bù)筛(shāi)选(xuǎn),计(jì)算(suàn)加(jiā)权平均分(fèn),最(zuì)后(hòu)得到一组具有高度灵敏度和特异性的5hmC生物标记(jì)物,并进一步在(zài)实验组中验证(zhèng),分析其(qí)灵敏度和特异性。并将新建立(lì)的5hmC标志物基(jī)因组合的(de)检测(cè)性能与传统(tǒng)临床(chuáng)变量进行对比分(fèn)析。最后对相关基(jī)因进行了信号通路(lù)分析和功能探(tàn)究。



    研(yán)究结果


    5hmC修饰(shì)水(shuǐ)平与血(xuè)管并发(fā)症(zhèng)具有相(xiàng)关性


    利用逻辑(jí)回(huí)归模型对62例有并发(fā)症和无并发(fā)症2型糖尿病(bìng)病人的(de)5hmC差异水平进行分析(xī)发现,有并发症(zhèng)2型糖尿(niào)病病人的622个差异修饰(shì)候(hòu)选(xuǎn)基因(包括上调和下调基因)的归(guī)一化平均数(shù)要明显高(gāo)于(yú)无(wú)并发症的病人(P<0.001),但是单一并(bìng)发症和多发(fā)并发症病人之间没有显(xiǎn)著差异。

    之(zhī)后(hòu)将有单一并发症(zhèng)或多种并发(fā)症的50例(lì)病人用逻辑回归模型进行了(le)对比,发现多种并发症的(de)病人的153个差异修饰候(hòu)选基因(包括上调和下调(diào)基因(yīn))的归(guī)一化(huà)平均数要低于无(wú)并(bìng)发症病人(P<0.001)。


    5hmC标(biāo)志物可区分有(yǒu)无(wú)并发症(zhèng)患者


    62例2型糖尿病病人被随机分成训练组(zǔ)(n=31)和测(cè)试组(n=31)。利用弹性网络筛(shāi)选后发现(xiàn),16基因(yīn)-5hmC标志物(wù)组合检测可以用于区分有并(bìng)发症和无(wú)并发症的2型糖尿病(bìng)病人。


    基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分(fèn)析(xī),发现(xiàn)无并(bìng)发症(zhèng)病人的分数在(zài)训练(liàn)集和测(cè)试集中(zhōng)都明显低于有并发症的病人。只考虑(lǜ)加权平(píng)均分的话,受(shòu)试者工作(zuò)特征曲线(ROC)分析表明将cutoff值设置(zhì)成0.5时,在测试(shì)组(zǔ)中中的(de)灵敏度为60%,特(tè)异性为100%。



    5hmC标(biāo)志物可区分病人是单一并发症还是多种(zhǒng)并发症


    50例有并发症的2型糖尿病(bìng)病人(rén)被随(suí)机分成(chéng)训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹(dàn)性网络筛选后发现(xiàn),13基因-5hmC标(biāo)志物组(zǔ)合可以区分(fèn)2型糖尿病病(bìng)人是否发生单(dān)一并发症或多种并发症。


    基于13基因组合模(mó)型(xíng) (Detection Model 2), 我们计算了单一(yī)并发症和多种并(bìng)发症的加(jiā)权(quán)平(píng)均(jun1)分,发现在训练集(jí)和测(cè)试集中单一并(bìng)发症和多种并发症病人的分数都有明显差异。值得一(yī)提的是,有肾(shèn)病并发症和无肾病并发症病人的分数(shù)也有明显差(chà)异(yì)。利用加权平均(jun1)分作为判(pàn)断标准的受试者工(gōng)作(zuò)特征曲线(ROC)表明,在测(cè)试组中当将cutoff值设成0.69时(shí),灵敏度为87.5%,特异(yì)性为68.8%。



    5hmC标(biāo)志物与传(chuán)统(tǒng)临床变量/危(wēi)险因子的对比


    我(wǒ)们评(píng)估了不同临床变量/危险因子用于监测血(xuè)管并(bìng)发症的灵敏(mǐn)度和(hé)特异(yì)性(见表1)。

    总体来说,结果表明一些临床变量(如尿(niào)液白蛋(dàn)白(bái)、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白(bái)a)虽然具有一定(dìng)的灵敏(mǐn)度和(hé)特(tè)异(yì)性,但是整体(tǐ)准确度仍然差强人意,因此临床需要更加准确(què)的方法。另外(wài),我(wǒ)们还(hái)在训(xùn)练组中(zhōng)建立5hmC和不同临床变量的(de)多变量组合模(mó)型进行评估(gū),该模型加权平均分(fèn)的AUC要明显大于传统临床变量的AUC。若将这些(xiē)临床(chuáng)变量与加权平均分进行结合,AUC也(yě)将进(jìn)一步提高。因此,该多变(biàn)量(liàng)模型表(biǎo)明加权平均分可作为一个(gè)独立的(de)指(zhǐ)标(biāo)用于监测(cè)2型糖尿(niào)病血管(guǎn)并发症。

    信号通路分析和功能探究


    有(yǒu)并发症和无并发症病(bìng)人(rén)的(de)135个差异候选(xuǎn)基因的(de)功能注释分析表(biǎo)明,这些基因主要富集在一些经典的信(xìn)号通路。错误发现率(lǜ)相关P值位于前10%和基因数目≥3的信号通路包(bāo)括(kuò)由IGF1R, IL-10和FGFR2所介(jiè)导的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的信号(hào)通路(lù)与胰岛素抵(dǐ)抗及炎症反应相关,在(zài)血管生物学和(hé)糖尿病(bìng)发生发展过程中发挥重要(yào)作用(yòng)。

    Reactome相互作用网络的(de)中心表明,泛素(sù)编码基因(yīn)[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素(sù)A-52亚基核糖(táng)体(tǐ)蛋白融合产物(wù)1(UBA52)]是候选(xuǎn)基因(yīn)(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重要连接者(zhě)。在这135个差异候选基因中(zhōng), 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表(biǎo)现出与糖尿病病程相(xiàng)关的倾向,表明5hmC和糖尿(niào)病血管并发(fā)症之间可能(néng)存在时间依(yī)赖性的相互作(zuò)用(yòng)。基于纵向时间队列的大样本研(yán)究,将可进(jìn)一步明确5hmC变(biàn)化和糖尿病持续时间之间的动态(tài)关联。关于单一(yī)并发(fā)症和多种并发症病人(rén)的159个候选标志基因的(de)功能注(zhù)释研究发现,存在(zài)细胞-细(xì)胞(bāo)连接、胶(jiāo)原蛋白形成、新陈代谢、细胞应激应(yīng)答信(xìn)号(hào)通路的富集,这些信号(hào)通路(lù)均与细胞基本功能密切相关。


    研究意义(yì)



    血管并发(fā)症(zhèng)是三分之二糖尿病病(bìng)人(rén)的(de)死亡(wáng)原因,若能及(jí)早有效控制血(xuè)管(guǎn)并发(fā)症的发生,将极大(dà)地改善糖尿(niào)病病人的生存质(zhì)量。该研究建立了一(yī)种利用(yòng)cfDNA进行2型糖(táng)尿病血管并发症监测的无创便捷方法,较目前临床(chuáng)标(biāo)志物能更准确地监(jiān)控血管并发症的发生,从(cóng)而提示临床(chuáng)及早采(cǎi)取应对措施,有效(xiào)控(kòng)制病情进展。



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